Jonas Elmer (født 14. marts 1966 i Virum) er en dansk filminstruktør, manuskriptforfatter og tidligere skuespiller.
Som ung spillede han med i filmene Zappa, Rocking Silver og Den kroniske uskyld. Hans instruktørdebut kom med filmen Let's get lost, der til en vis del blev improviseret frem sammen med skuespillerne Sidse Babett Knudsen, Bjarne Henriksen, Nicolaj Kopernikus og Troels Lyby. Den vandt blandt andet Bodilprisen for bedste danske film i 1998.[4][3] Siden har han instrueret filmen Monas verden og Nynne, og i 2008 instruerede Elmer New in Town med Renée Zellweger og Harry Connick, Jr..