핵잠수함 싸이렌 1호가 대서양 한 가운데서 사라진다. 싸이렌 1호의 제작사인 콘덱사의 시장 마크는 원설계자인 빅 헤이즈(Wick Hayes: 잭 스칼리아 분)에게 책임을 전가시키려고 음모를 꾸민다. 몇 일 후 싸이렌 1호가 실종된 해역에서 수천마리의 물고기와 물개가 죽어있는 것을 발견한 마크는 필립 선장과 해양생물학자 크롤리(Lt. Nina Crowley: 데보라 애다이어 분)와 빅 그리고 컴퓨터 전문가 로빈(Robbins: 레이 와이즈 분)을 한 팀으로 싸이렌 2호를 대서양상에 출범시킨다. 잠수함이 실종된 다네킨 리프트에 도착한 싸이렌 2호는 25000피트의 어두운 심해에서 급성장하고 있는 해초군락을 발견하고 해초 샘플을 채취한다. 크롤리에 의해이 해초는 산소를 흡수하고 독소를 뿜어내는 해초로서 인간의 몸에 닿게 되면 썩혀서 인간의 세포를 파괴한다는 사실을 알게 된다. 싸이렌 1호의 블랙박스 신호를 따라 심해의 동굴로 들어가는 도중 연구실이 온통 급성장한 식인해초로서 뒤덮힌 것을 발견하게 되고 일단 오염된 곳을 폐쇄시킨다. 그리고 그곳 동굴에서 생물학을 이용한 DNA가속장치의 실험실을 발견하게 되고 곧 이어서 DNA 촉진기에 의해 이상 진화된 끔찍한 바다 생물의 습격을 받게 되는데...